Habitada até o século XVIII por índios caingangues e xoclengues, começou sua história com a construção da estrada ligando as províncias do Rio Grande do Sul e de São Paulo. Em seguida  alguns colonos iniciaram fazendas de gado e de exploração de erva-mate e madeira. Isso fez surgir conflitos entre índios e colonos ocasionados pela disputa dos pinheirais. Os pinhões de araucária e animais eram a fonte de alimento básica dos índios.

Fundada em 1766  pelo bandeirante paulista Antônio Correia Pinto de Macedo, Lajes servia inicialmente como estalagem para a rota comercial entre o Rio Grande do Sul e São Paulo, principalmente na passagem do gado dos campos gaúchos para abastecer os trabalhadores da extração de ouro em Minas Gerais.

Correia Pinto batizou-a assim devido à abundância da pedra laje na região, o nome original era Nossa Senhora dos Prazeres dos Campos das Lajens.

Instituída vila pelo governador de São Paulo Luís António de Sousa Botelho Mourão, Lajes teve seu território transferido da capitania de São Paulo para a capitania de Santa Catarina, por D. João VI, em 9 de setembro de 1820.

Décadas após o fim da Revolução Farroupilha, teve seu primeiro paço municipal edificado entre 1898 e 1902.